大气交通污染物对儿童外周血基因表达谱的影响分析
摘要：目的采用生物信息学研究方法分析大气污染对儿童外周血基因表达谱的影响,为后期预防、诊断及治疗提供一定的理论参考依据。方法从基因芯片公共数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)中下载一组来自不同大气污染暴露下外周血基因芯片数据,并将数据导入分析软件QOE3.1、GenClip2.0、GATHER等,分析基因表达谱、蛋白-蛋白相互作用网络、分子生物学过程及基因功能,寻找大气污染对儿童影响的关键节点基因。结果共发现差异表达基因2 172个。根据研究目的,对Fold Change≥3的223个儿童差异表达基因进行分析,结果表明这些靶基因主要参与细胞对外部刺激物的反应、细胞信号传导、核苷磷酸结合等生物学功能。进一步分析发现,NR4A1、SGK1、TUBB1、PINK1和THOC3基因为蛋白-蛋白相互作用网络中心节点,删除这些节点蛋白后,网络结构涣散,同时研究发现基因PINK1灵敏度和特异度最高,诊断价值最大。结论不同污染状态下儿童基因表达不同,差异基因主要参与细胞对外部刺激物的反应、细胞信号传导、核苷磷酸结合等生物学功能,基因PINK1的诊断能力最强。
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