2016—2017年盐城市手足口病肠道病毒谱构成及CVA10型肠道病毒VP1基因特征
摘要：目的了解2016—2017年盐城市手足口病肠道病毒谱分布特征,并对鉴定为CVA10型肠道病毒VP1基因进行分子进化特征分析。方法疑似手足口病咽、肛拭子标本,采用实时荧光RT-PCR方法检测肠道病毒核酸,以RT-PCR法扩增CVA10型VP1基因全长编码区并进行序列分析,采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 2016—2017年盐城市手足口病原主要以其他肠道病毒为主,其他肠道病毒的流行共有10种基因型,其中CVA6、CVA10型为优势流行株,占其他肠道病毒阳性的77.03%、13.51%。19株CVA10VP1区核苷酸、氨基酸同源性分别为92.5%-100.0%、97.3%-100.0%。2年间,毒株组内核苷酸同源性分别为96.4%-100.0%、92.5%-100.0%;氨基酸同源性分别为98.0%-100.0%、97.7%-100.0%。遗传进化树显示：盐城市CVA10代表株属于C3、C4基因亚群的毒株,盐城代表株364/JSYC/2017与2014年云南代表株（LC013415）聚集成簇单独构成C3基因亚群分支,其余18株盐城代表株属于C4基因亚群分支,为主流优势流行株。结论 2016—2017年盐城市手足病病原由多种基因型的肠道病毒共同流行,CVA10型为其他肠道病毒的优势流行株。开展CVA10型肠道病毒分子流行病学研究,了解毒株进化变异趋势,对防控手足口病具有重要意义。
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